Nach dem Kampf zwischen Omnimon und Diaboromon, wurden im Mai 2000 die Digiritter der ersten Serie von Gennai in die digitale Welt zurückgerufen. Um den Frieden in der Digiwelt wiederherzustellen, mussten die Kinder die geheimnisvolle Kraft zum Schutz der Welt befreien, die von den Mächten der Dunkelheit unterdrückt wurde. Indem sie die Energie ihrer Wappen freisetzten, befreiten sie zum einen die digitale Welt von den dunklen Energieströmen, und zerstörten zum anderen die Siegel, die die vier heiligen Tiere Azulongmon , Zhuqiaomon , Ebonwumon und Baihumon gefangen hielten. Das hatte jedoch zur Folge, dass die Digimon der Digiritter nicht mehr in der Lage waren, auf das Ultra- oder Mega-Level zu digitieren.
Im August 2000 erschien vor den Jungen Sammy (Osamu) und seinem jüngeren Bruder Ken Ichij ji ein Digivice. Gegen den Willen seines Bruders nahm Ken dieses eines Tages an sich und wurde daraufhin in die digitale Welt gebracht. Dort angelangt traf er auf Wormon und Ryo Akiyama. Gemeinsam kämpften sie gegen Milleniummon. Es gelang der Gruppe das Digimon zu besiegen, doch bevor dieses starb, setzte es die Samen der Finsternis frei. Einer davon drang in den Hals von Ken ein.
Als Sammy kurz darauf von einem Auto überfahren wurde und seinen Verletzungen erlag, war Ken von Gram erfüllt. Er bekam daraufhin eine E-Mail, in der er aufgefordert wurde, in die Digiwelt zu reisen. Durch den Samen der Finsternis in ihm öffnete sich stattdessen aber ein Tor zur Welt der Finsternis. Dort tauchte Ken sein Digivice in das Meer der Dunkelheit ein, woraufhin es sich in ein D3-Digivice verwandelte. Als er anschließend in die reale Welt zurückkehrte, wurde der Samen der Finsternis aktiv und mit der Zeit stiegen sowohl seine körperlichen als auch sein geistigen Fähigkeiten auf eine außergewöhnlich hohe Stufe. Gleichzeitig nahm aber auch seine Teilnahmslosigkeit gegenüber seinen Eltern und der Gesellschaft gravierend zu, da er alle anderen als minderwertig ansah. Er kehrte in die digitale Welt zurück und begann, diese als Digimon-Kaiser zu erobern. Azulongmon und die anderen heiligen Tiere aktivierten daraufhin die Digi-Armor-Eier, wählten einige Digimon aus, die die alte Kraft der Armor-Digitation in sich trugen, und ließen sie einschlafen. Des Weiteren entwickelten sie drei weitere D3-Digivices, um den finsteren Mächten begegnen zu können und schickten sie an drei auserwählte Kinder, die im August 1999 und März 2000 mit Digimon in Kontakt gekommen waren.
.
Quelle: KSM